唾液酸化综述发表

2018年11月26日本课题组关于唾液酸化修饰介导个体发育、体细胞重编程、癌症发生发展过程中细胞命运决定的综述在《Protein & Cell》上发表!唾液酸化修饰是一种糖基化修饰,唾液酸通过共价键连接到糖蛋白糖链的末端。唾液酸具有较强的负电性,在生理状态下电离出负电荷,并且位于糖链末端,因此,唾液酸化修饰可能在生物体生理功能发挥中起重要作用。目前已报道,唾液酸化修饰在早期胚胎发育、神经发育、体细胞重编程、癌症发生发展及免疫反应中起重要作用。本文主要阐述唾液酸化修饰在个体发育、体细胞重编程、癌症发生发展过程中细胞命运决定中的作用。唾液酸化合成酶UDP-GlcNAc 2-epimerase对小鼠早期胚胎发育至关重要,编码该酶的基因Gne敲除会引起小鼠胚胎在第10.5天死亡。唾液酸化糖基转移酶基因ST6GAL1敲低降低体细胞重编程效率。另外,唾液酸化水平和糖型在癌症发生发展过程中发生变化。因此,唾液酸化修饰与细胞命运决定息息相关。 Sialylation, or the covalent addition of sialic acid to the terminal end of glycoproteins, is a biologically important modification that is involved in embryonic development, neurodevelopment, reprogramming, oncogenesis and immune responses. In this review, we have given a comprehensiveoverview of the current literature on the involvement of sialylation in cell fate decision duringdevelopment, reprogramming and cancer progression. Sialylation is essential for early embryonic development and the deletion of UDP-GlcNAc 2-epimerase, a rate-limiting enzyme in sialic acid biosynthesis, is embryonically lethal. Furthermore, the sialyltransferase ST6GAL1 is required for somatic cell reprogramming, and its downregulation is associated with decreased reprogrammingefficiency. In addition, sialylation levels and patterns are altered during cancer progression, indicating the potential of sialylated molecules as cancer biomarkers. Taken together, the current evidences demonstrate that sialylation is involved in crucial cell fate decision.

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干细胞联合组会再启动

中山医学院干细胞联合组会由丁俊军教授发起和主持,每两周一次,以午餐会的形式进行。干细胞与再生医学平台的实验室人员轮流在联合组会上进行课题汇报,也会邀请校外嘉宾作汇报,目的为促进各个课题组之间的交流合作。2018年秋季学期的干细胞联合组会日程安排如下:9月27日,项鹏教授课题组的博士五年级学生张亚南和丁俊军教授课题组的博士二年级学生魏超分别汇报了课题,与听众展开了深入讨论。

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于浩澎师兄欢送会

2018年6月14日,实验室全员为毕业的于浩澎师兄举行了欢送会!欢送会上食物非常丰富,浩澎师兄发表了离别感言。丁老师讲话大家为浩澎师兄合唱一曲《千里之外》欢送会最后大家的合影!难忘的一天!

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丁老师生日会

2018年3月26日,课题组全员在实验室为丁老师举办了一个温馨的生日会!大家一起给丁老师订了蛋糕,为丁老师唱了生日歌。丁老师许愿蛋糕上写的字是丁老师对我们的教诲准备吃蛋糕的丁老师生日会最后欢乐的自拍合影

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王建龙教授受邀汇报

2017年11月9日,丁俊军教授邀请美国西奈山伊坎医学院细胞/发育与再生医学系的王建龙教授到中山医学院作汇报,汇报题目为Transcriptional and Epigenetic Control of Stem Cell Pluripotency and Somatic Cell Reprogramming。王建龙是美国西奈山伊坎医学院细胞/发育与再生医学系的教授,他本科毕业于南开大学,硕士毕业于北京中科院微生物研究所,在马萨诸塞大学艾摩斯特分校获得博士学位,主要研究RNA病毒与宿主病毒的互作对植物表征的调控作用。在哈佛医学院波士顿儿童医院的从事博士后研究,重点关注胚胎干细胞的多能性调控网络,并于2009在西奈山的伊坎医学院开设独立实验室。他的实验室主要从事干细胞多能性调控和体细胞重编程过程中的分子机制研究,重点关注转录和表观遗传调控。5年内以通讯作者在Nature, Nature Genetic, Cell Stem Cell, Molecular Cell, PNAS发表多篇文章,同时获得了Harold and Golden Lamport奖,以及Irma T. Hirschl and Weill-Caulier Trusts Career Scientist奖,以表彰他的出色工作。丁俊军教授主持王建龙教授作精彩汇报现场观众积极提问交流汇报结束后邀请王建龙教授参观实验室

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香港四日极限挑战

2017年8月7日至8月10日,实验室全员到香港进行了第一次实验室暑期出游活动!摘录同学的朋友圈作为总结:见识了港中大的美景和坡度老板大概在太平山顶拍了一吨自拍对着维港的夜景认真讨论广告和人生从尖沙咀走到旺角真的只用“二十分钟”要喝多少罐酒才能没有顾忌地倾诉和流泪呢结果还是没敢试最辣的那个鸡公煲凌晨两点的兰桂坊舞池…真让人涨姿势长大后再去海洋公园就像解锁了新地图魏超师兄在大摆锤下抗拒得不行少帅师兄在跳楼机上全程鬼叫老板微笑着坐在了大过山车的第一排雷霆节拍…嘶待我再揉揉我的髋骨又是一天以两万五千步结束背着帐篷食材从北潭凹一路上了蚺蛇尖手脚并用,一路碎石,美景果然在险峰站在过山风中真希望自己有个滑翔伞下山的路实在难走得让人窒息摔了八九跤差点把师兄吓死最后一段峭壁老板一把抓住我的手落到在海滩上时大腿不可控制地在抖在夜色中横穿海滩下过雨的最后一个山头路很是湿滑手机的灯只够照亮眼前的一小块精疲力尽的时候发现还要过个独木桥到达的时候正好看见山边月出躺倒在沙滩上的时候,满目的星光月色火好不容易才升起来,烤肉真是香阿夜里的海水凉凉的跟师兄师姐一起在海滩上写满了努力奋斗老板还在我们的祈愿下签了个字月光下一首又一首地大声合唱连在一起的七个帐篷在海风里猎猎作响凌晨的大雨把帐篷打得噼里啪啦的躺着回想这样一天…觉得厉害得有些不真实五点多就爬出帐篷想看日出霞光下远处的海面渐泛暖色跟少帅师兄比了一下游泳海水实在是咸的不行怎么努力也没法向前游的老板被泼了好多水师兄和师兄抱对的画面实在少儿不宜大家围在一起笑就像开组会一样坐一个小时的快艇回西贡真是赤鸡只穿泳裤走在街上的新贵师兄超级风骚在回程的路上慢慢地想这四天觉得真把自己厉害坏了现在想想,给我的历练我当然应该珍惜也没必要一直害怕焦躁因为很好很好的大家一直都在我身边啊by 兔子

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YY1机制文章发表

阴阳蛋白(Yin-Yang 1,为什么叫“Yin-Yang1”呢?因为这个转录因子既有激活因子又可以作为阻遏因子,兼二者而为一,像极了中国文化中的“阴阳太极图”。这一发现引起了学术界的极大关注,这是哈佛大学施扬教授研究学术生涯中代表性的重要工作之一,1991年发表在Cell杂志)YY1即可通过招募Polycomb家族蛋白复合物促进H3K27的三甲基化修饰,对基因转录起抑制作用,又可通过非依赖于Polycomb的机制对基因表达起促进作用【1】。缺失YY1的小鼠在胚胎发育过程中的会发生着床期致死【2】,YY1还被发现在多种肿瘤中起到促进肿瘤发生发展的作用【3】,而且,YY1存在于多能性调控网络中【4】。上述发现都说明了YY1功能的强大。 近期的研究发现,除了上述功能之外,YY1还起到染色体结构蛋白的功能,并介导增强子与启动子三维互作的产生【5】。这一发现使得YY1迅速成为引人注目的明星因子。 然而,YY1在多能性干细胞中是如何调控基因表达的呢? 3月14日,Stem Cell Reports发表了中山大学中山医学院丁俊军教授、王佳研究员等人题为YY1 Positively RegulatesTranscription by Targeting Promoters and Super-Enhancers through the BAFComplex in Embryonic Stem Cells的论文,报道了YY1通过与染色体重组蛋白复合物BFA相互作用在胚胎干细胞中靶向启动子和超级增强子来促进基因表达和维持干细胞多能性。超级增强子(super-enhancers, SEs)是一种由连续排列的增强子调控元件串联形成的超长增强子簇,转录因子和协同因子大量富集于其上,可以强力驱动细胞相关基因的表达。SEs具有明显的细胞特异性,细胞中存在数百个SEs控制着关键基因,决定细胞命运走向【6】。 BAF作为一种染色体重组复合物,在干细胞多能性的维持和建立过程中都发挥着重要作用【7,8】。染色体在体细胞中往往结构相对紧密,而紧凑的位阻不利于转录因子的富集和基因的转录。在多能干细胞中需要大量增强子和多能性基因从紧凑的染色体上暴露出来以促进转录,这一过程需要BAF复合物发挥染色体重组的作用【9】。 在最新的这项研究中,研究团队经过深入的研究发现,BAF与YY1和OCT4蛋白在胚胎干细胞中相互作用以促进大量多能性基因的表达。BAF与YY1的相互作用一方面进一步加强了YY1的转录促进作用,另一方面,BAF的加入改变了YY1对多能性的调控机制,使得原本在多能性调控中YY1依赖的Myc通路转为依赖于Core通路(通过调控多能性基因Oct4、Nanog、Sall4等)。YY1、BAF和OCT4的相互作用使得该蛋白复合物不仅大量富集于启动子区域,还富集于超级增强子区域(下图),这也从另一方面验证了YY1的染色体结构蛋白的功能,暗示了YY1在多能干细胞中促进增强子启动子染色体三维互作的形成。参考文献:1.    Vella,P., et al., Yin Yang 1 extends theMyc-related transcription factors network in embryonic stem cells. Nucleic Acids Res, 2012. 40(8): p. 3403-18.2.    Donohoe, M.E., et al., Targeted disruption of mouse Yin Yang 1 transcription factor results inperi-implantation lethality. Mol Cell Biol, 1999. 19(10): p. 7237-44.3.    Gordon, S., et al., Transcription factor YY1: structure, function, and therapeuticimplications in cancer biology. Oncogene, 2006. 25(8): p. 1125-42.4.    Wang, J., et al., A protein interaction network for pluripotency of embryonic stem cells.Nature, 2006. 444(7117): p. 364-8.5.    Weintraub, A.S., et al., YY1 Is a Structural Regulator of Enhancer-Promoter Loops. Cell, 2017. 171(7):p. 1573-1588 e28.6.    Whyte, W.A., et al., Master transcription factors and mediator establish super-enhancers atkey cell identity genes. Cell, 2013. 153(2):p. 307-19.7.    Kadoch, C., et al., Proteomic and bioinformatic analysis of mammalian SWI/SNF complexesidentifies extensive roles in human malignancy. Nat Genet, 2013. 45(6): p. 592-601.8.    Singhal, N., et al., Chromatin-Remodeling Components of the BAF Complex FacilitateReprogramming. Cell, 2010. 141(6):p. 943-55.9.    Meshorer, E., et al., Hyperdynamic plasticity in pluripotent embryonic of chromatin proteinsstem cells. Developmental Cell, 2006. 10(1):p. 105-116.转载自BioArt

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实验室文化

一、实验室LOGO设计文字:“Ding Lab – STEM CELL”,为实验室名称与研究方向。镂空部分的花纹:从左到右分别是唾液酸的分子式、SOX2的蛋白互作组和互作的染色质,为实验室具体研究内容的几个例子。图案:“”源于丁老师最常用的三个表情,代表实验室积极鼓励自己和他人、微笑面对现实、可靠完成工作的精神。字体:选用了柔顺的毛笔风和像素风,表现实验室既做实验也做生信。二、实验室活动组会之后会有篮球赛活动:暑假集体出游活动:生日聚餐活动:元宵节福利:

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研究生教学

本课题组的研究生教学包括日常科研技能训练和组会。其中日常科研训练包括个人会议、课题小组和导师指导。组会包括常规组会、小组会和干细胞联合组会。 一、日常科研训练 1. 个人会议每周一次,向丁老师汇报上周课题进展与文献阅读情况,讨论下一步的工作安排。2. 课题小组本课题组以小组为课题进行课题,组内成员共同学习、攻克课题难点。本课题组共有重编程小组、疾病模型小组、糖组、ABC小组、Wch小组和生信组六个小组。 3. 导师指导课题中的关键实验或难点实验丁老师会亲自提供实验指导。二、组会 1. 常规组会每周六13:00~19:00,三个演讲人分别汇报重要期刊中与本实验室方向相关的文献、课题工作进展和一篇精读文献的背景介绍。 具体包括以下三个部分:CNS汇报:每人有自己负责的期刊,汇报要求覆盖所有文献,解释基本工作与创新点,重点讲解与课题组方向有关的工作。 工作汇报:以类似Seminar的形式汇报近期工作,包括背景、科学问题、解决方法、结果展示和个人思考。 文献汇报:每周选定一篇精读文献,汇报文献相关的研究背景和解析结果部分的难点,提出与本组课题相关的思考 2. 小组会 3D小组会:每两周一次,主要目的为生信分析人员与实验人员之间进行讨论,另外进行生信相关知识的教学普及,或者讨论3D相关的实验技术、想法或文献。 技术小组会:每两周一次,与3D小组会间隔进行,主要讨论关键实验技术的原理和操作细节。 课题会:每周一次,小组内汇报课题进展、讨论相关文献和进一步工作。会与合作的课题组远程进行课题会。 3. 干细胞联合组会每两周一次,以午餐会的形式进行。干细胞与再生医学平台的实验室人员轮流进行课题汇报,也会邀请校外嘉宾作汇报,目的为促进各个课题组之间的交流合作。

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